L’AFC du lac Saint-Jean comprend les plans d’eau suivants :
– Le lac Saint-Jean, incluant les baies, marais, marécages et étangs jusqu’à la ligne des hautes eaux modifiées du lac, fixée à la cote d’altitude géodésique 101,84 m (17,5 pi) sur l’échelle du quai de Roberval.
– La Grande Décharge en amont des barrages de Rio Tinto, incluant les ruisseaux Rouge, des Chicots, des Harts et la rivière Mistouc.
– La Petite Décharge en amont des barrages de Rio Tinto.
– La rivière La Belle-Rivière sur une longueur de 8,7 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage situé en aval du pont du rang Sainte-Anne.
– La rivière Couchepaganiche sur une longueur de 0,6 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pont de la route 169 dans le secteur de Métabetchouan.
– La rivière Métabetchouane sur une longueur de 6,6 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage du Trou de la Fée.
– La rivière Ouiatchouan sur une longueur de 0,8 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pied du premier rapide situé en amont du pont de la route 169 à Val-Jalbert.
– La rivière Ashuapmushuan sur une longueur de 80 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’aux Chutes de la Chaudière.
– La rivière aux Saumons sur une longueur de 47 km, de son embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la chute située à 400 m en amont de l’embouchure du ruisseau du Pied des Chutes.
– La rivière Pémonca sur une longueur de 8 km, de son embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la première chute située à l’ouest de la route 167, près du poste d’accueil sud de la réserve faunique Ashuapmushuan.
– La rivière du Cran sur une longueur de 6,5 km, de son embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la première chute située à l’ouest de la route 167, près de l’embouchure du lac Menetou.
– La rivière Ticouapé sur une longueur de 6,2 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pont de la route 373 dans le secteur de Saint-Méthode.
– La rivière Mistassini sur une longueur de 54 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’à la Onzième Chute.
– La rivière Mistassibi sur une longueur de 2 km, de son embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’au pont de la route 169 dans le secteur de Mistassini.
– La rivière aux Rats sur une longueur de 0,6 km, de son embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’au pont du rang Saint-Luc.
– La rivière Ouasiemsca sur une longueur de 88 km, de son embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’à la chute située à 25 km en amont de l’embouchure de la décharge du lac Rond.
– Le lac à Jim, de son embouchure dans la rivière Micosas jusqu’au pont de la rivière Croche situé à l’extrémité sud-est du lac.
– La rivière Micosas sur une longueur de 14,5 km, de son embouchure dans la rivière Ouasiemsca jusqu’à la chute située à 1 km en amont de l’embouchure de la rivière aux Dorés.
– La rivière Péribonka sur une longueur de 22 km, de son embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage de Chute à la Savane.
– La Petite rivière Péribonka sur une longueur de 59,5 km, de son embouchure dans la rivière Péribonka jusqu’à la limite sud de la ZEC des Passes.
